W lutym 2018 roku rodziny ofiar dyktatury Fujimoriego zaskarżyły ułaskawienie do Sądu Najwyższego, który 3 października 2018 orzekł jego nieważność. Sąd wskazał, że ułaskawienie oparto na podstawie fałszywego orzeczenia lekarskiego o terminalnym stanie zdrowia, wydanym przez komisję złożoną częściowo z nieuprawnionych do tego lekarzy. Ponadto nie dotarło ono do komisji ds. ułaskawień, a co więcej przestępstwa popełnione przez Fujimoriego nie podlegały ułaskawieniu. Zaraz po ogłoszeniu wyroku Fujimori ponownie został przewieziony przez rodzinę do szpitala. Powrócił do więzienia 23 stycznia 2019, a jego ułaskawienie zostało formalnie unieważnione 13 lutego 2019.
Trybunał Konstytucyjny Peru w orzeczeniu z 17 marca 2022 przywrócił prezydencką decyzję o ułaskawieniu i 7 grudnia 2023 Fujimori został zwolniony z więzienia Barbadillo w Limie, następnie spotkał się ze swoimi dziećmi Keiko i Kenjim oraz tłumem zwolenników.
Zmarł w wieku 86 lat wskutek choroby nowotworowej w domu swojej córki Keiko w San Borja w Limie. Rząd peruwiański ogłosił trzydniową żałobę narodową. Państwowe uroczystości pogrzebowe odbyły się 14 września 2024 w Teatrze Narodowym w Limie. W pogrzebie wzięła udział urzędująca prezydent Dina Boluarte.