21 września 2007 Sąd Najwyższy Chile wydał zgodę na ekstradycję byłego prezydenta do Peru w związku z oskarżeniami o pogwałcenie praw człowieka i korupcję w latach 1990–2000, kiedy ten był prezydentemDziennik Polska-Europa-Świat, 24.09.2007, s. 17.. 7 kwietnia 2009 po trwającym 15 miesięcy procesie został skazany na 25 lat więzienia za kilkadziesiąt morderstw na opozycjonistach, jednak 24 grudnia 2017 został ułaskawiony decyzją prezydenta Pedro Pablo Kuczynskiego i przeniesiony z więzienia do szpitala. Prezydent Kuczynski uzasadnił swoją decyzję stanem zdrowia Fujimoriego, jednak wywołała ona liczne kontrowersjePeru’s Alberto Fujimori speaks after divisive pardon, BBC News, 25 grudnia 2017. i masowe protesty, bowiem była ona ceną za poparcie i 10 innych posłów jego partii w głosowaniu nad zdjęciem Kuczynskiego z urzędu.