W 1992 został członkiem rzeczywistym Polskiej Akademii Nauk. Od 1997 członek korespondent, a od 2014 członek czynny krajowy Polskiej Akademii UmiejętnościRocznik Polskiej Akademii Umiejętności. Rok 2025, wyd. Kraków 2026, s. 18.Był również członkiem Akademii Europejskiej i Niemieckiej Akademii Przyrodników Leopoldina (niem. Deutsche Akademie der Naturforscher Leopoldina). Wielokrotnie wykładał w wielu zagranicznych ośrodkach naukowych [archiwum WayBack Machine].
Dokonania naukowe Jest jednym z odkrywców reakcji przebiegających w warunkach katalizy przeniesienia międzyfazowego (PTC, z ang. phase transfer catalysis). Odkrył reakcję, określaną obecnie jako „reakcja Mąkoszy”, służącą m.in. do generowania dichlorokarbenu z chloroformu warunkach katalizy PTC.
Badając reakcję nukleofilowej substytucji atomu wodoru karboanionami odkrył metodę zastępczego podstawienia nukleofilowego (ang. vicarious nucleophilic substitution, VNS) wersja archiwalna, [dostęp 2019-05-28] atomu wodoru w związkach aromatycznych oraz heterocyklicznych.