Jundziłła zwiedzał on liczące się wówczas europejskie ośrodki naukowe (Paryż, Lejda, Królewiec, Londyn) więc obejmując katedrę był bardzo dobrze przygotowany do czekających go zadań. Niedługo później J. Jundziłł przejął także opiekę nad ogrodem botanicznym.
Wolny od obowiązków Jundziłł rozpoczął podróże. Najpierw pojechał do Warszawy i zwiedził uczelniany ogród botaniczny i tamtejszą pomologię. Obejrzał też prywatny, lecz dość sławny, zbiór roślin gen. Rauchenstraucha. Stamtąd, dla poratowania zdrowia wyjechał do Karlsbadu (1826). Wracając odwiedził Wrocław i tamtejszy ogród botaniczny, wówczas kierowany przez Trewiranusa. Kolejne leczenie mogło odbywać się w Warszawie, gdzie tymczasem zbudowano łaźnie z wodami karlsbadzkimi. Niedaleko, w Helenowie u Tadeusza Ostrowskiego mógł zapoznać się z zielnikiem szwajcarskiego (1833) systematyka Decandolla, twórcy systemu naturalnego. Zaznajomił się też z Michałem Szubertem ówczesnym dyrektorem warszawskiego Ogrodu Botanicznego. Z kolejnej podróży leczniczej do Karlsbadu Jundziłł wracał (1835) przez Prusy. W swoim pamiętniku odnotował masową obecność języka polskiego wśród mieszkańców Wielkiego Księstwa Poznańskiego.