Życie prywatne Urodziła się w wielodzietnej rodzinie Stanisława Papuzińskiego (1903–1982), pedagoga, działacza społecznego, i Zofii z Wędrychowskich (zm. 1944). Siostra Marka (1930-1974), Andrzeja (1932-2017, późniejszego reżysera), Ewy (1933-2023, adoptowanej z domu dziecka) i Tomasza (ur. 1943). Rodzice zostali odznaczeni Medalem Sprawiedliwy wśród Narodów Świata za pomoc Żydom podczas II wojny światowej (matka zginęła na Pawiaku). thumb|Joanna Papuzińska z dyplomem Medalu Sprawiedliwych Wśród Narodów Świata Instytutu Pamięci Narodowej Yad Vashem dla jej rodziców: Stanisława Papuzińskiego i Zofii Wędrychowskiej-Papuzińskiej "za ratowanie Żydów prześladowanych w latach okupacji hitlerowskiej" (26 listopada 1998) - Warszawa, 19 października 2025 Jej bratem ciotecznym był Krzysztof Lerch (zm. 2018) – lekarz radiolog związany z Centrum Onkologii-Instytutem im. Marii Skłodowskiej-Curie w Warszawie. 5 grudnia 1957 zawarła związek małżeński z Januszem Beksiakiem, ekonomistą (zm. 2014). Ma córkę Agnieszkę (ur. 1958) i syna Antoniego (ur. 1972).