Janusza Korczaka (1994) oraz nagrodą Ministra Kultury i Sztuki (1996).

W 1992 otrzymała stopień naukowy doktora habilitowanego, w 2001 tytuł profesora nauk humanistycznychPostanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 1 stycznia 2001 r. nr 115-1-01 o nadaniu tytułu naukowego profesora ().. Podjęła współpracę z Biblioteką Publiczną w Oświęcimiu oraz powstającym Centrum Dialogu i Modlitwy, w wyniku czego powstało Centrum Literatury Dziecięcej w Oświęcimiu.

W 2005 otrzymała medal Stowarzyszenia Przyjaciół Książki dla Młodych – Polska Sekcja IBBY za całokształt twórczości, nagrodę „Guliwer w krainie Liliputów”, przyznawaną przez kwartalnik „Guliwer”, oraz Order Uśmiechu, nadany przez Międzynarodową Kapitułę. Członkini Zarządu Polskiej Sekcji IBBY.

W 2014 otrzymała Honorowe Obywatelstwo Oświęcimia; w 2019 w oświęcimskiej Alei Pisarzy powstała ławeczka Joanny Papuzińskiej.