Tam zakładał i kierował w latach 1942–1944 jako dziekan Wydziałem Lekarskim Tajnego Uniwersytetu Ziem Zachodnich w Warszawie, którego był później prorektorem. Wykładał tam propedeutykę lekarską, historię i filozofię medycyny i antropologię, a po powstaniu warszawskim – w Krakowie wykładał historię i filozofię medycyny.
W 1945 powrócił do Poznania, by odbudować zdewastowany przez okupanta niemieckiego Zakład Historii i Filozofii Medycyny i Zakład Antropologii. Wykładał tam historię i filozofię medycyny, logikę medycyny, etykę lekarską i antropologię. Od 1947 do 1957 był przeniesiony na emeryturę, a od 1957 do 1960 został reaktywowany na profesora Katedry Historii Medycyny na Akademii Medycznej w Poznaniu. Wykładał tam historię, medycynę i propedeutykę lekarską. Od 1945 przez trzy lata był sekretarzem Wydziału IV PAU, a w latach 1948–1950 dyrektorem tego wydziałuReprezentanci nauk medycznych, zmarli członkowie AU w Krakowie, PAU, TNW i PAN, Katedra Historii Medycyny UJ CM.. Od 1960 był na emeryturze. W 1964 został uhonorowany godnością doktora honoris causa Uniwersytetu Jagiellońskiego. thumb|240px|Grób prof. Adama Wrzoska i Ludmiły Krakowieckiej na Cmentarzu Junikowskim Zmarł 26 lutego 1965 w Poznaniu.