Początkowo nowe władze sprzyjały katolickiej uczelni, później jednak stała się ona celem ataków. Doszło do nacjonalizacji podstawowego źródła finansowania KUL, jakim był liczący 7 tys. ha majątek rolny Fundacji hr. Potulickich w Potulicach koło Nakła. .
Dopiero lata 90. XX wieku przyniosły poprawę sytuacji. Część pieniędzy KUL zaczął otrzymywać z budżetu państwa, zniesiono cenzurę, uczelnia zaczęła rozwijać bazę dydaktyczną. W 1991 r. KUL odzyskał Fundację Potulicką, a w 2003 r. założył grupę kapitałową CGFP sp. z o.o. mającą w swych zasobach ziemię o areale 5000 ha. Z danych księgowych wynika jakim majątkiem obraca całą grupa kapitałowa i jak duże finansowanie posiada KUL.
Do kadry naukowej Uniwersytetu w okresie powojennym i w okresie przemian ustrojowych należały takie osobistości jak m.in.: Władysław Bartoszewski, Wiesław Chrzanowski, Jan Czekanowski, Juliusz Kleiner, Marian Morelowski, Jan Parandowski, Marek Safjan, Irena Sławińska, Adam Strzembosz, Hanna Suchocka, Stefan Swieżawski, Andrzej Wojtkowski, Czesław Zgorzelski oraz księża: Hieronim Feicht, Wincenty Granat, Stanisław Kamiński, Mieczysław Krąpiec, Mieczysław Żywczyński, Czesław Bartnik czy Karol Wojtyła.
W 2005 uczelnia zmieniła nazwę „Katolicki Uniwersytet Lubelski” na „Katolicki Uniwersytet Lubelski Jana Pawła II”.