potępił wybuch powstania styczniowego, o czym został poinformowany w czasie audiencji Ludwik Orpiszewski, wysłannik Władysława Czartoryskiego, emisariusza dyplomatycznego Rządu Narodowego. Z drugiej jednak strony Pius IX podczas powstania zwrócił się do Franciszka Józefa i Napoleona III o pomoc dla Polski. 29 czerwca 1867 kanonizował Jozafata Kuncewicza, a 6 czerwca 1877 roku przyjął też pielgrzymkę polską i wygłosił do niej mowę, w której zawarł słowa: miejcie nadzieję, wytrwałość, odwagę i módlcie się, a ciemięzcy wasi runą i Królestwo Polskie powróci.
Sprawy religijne Konserwatywne poglądy Piusa IX wyraziły się m.in. w 1849, kiedy to skierował do biskupów świata zapytanie o uznanie dogmatu o Niepokalanym Poczęciu Najświętszej Maryi Panny. Biskupi w większości poparli stanowisko papieża i ten 8 grudnia 1854 ogłosił konstytucję apostolską Ineffabilis Deus (pol. Niewysłowiony Bóg), w której uznał dogmat. Równe dziesięć lat później, 8 grudnia 1864 wydał encyklikę Quanta cura, w której potępił rozdział Kościoła od państwa, laickie nauczania i wolności prasy i sumienia. Do tej encykliki dołączył słynny Syllabus, w którym wskazał 80 błędnych tez, doktryn i idei, m.in. socjalizm, modernizm, racjonalizm (m.in.