Za czasów jego pontyfikatu w Niemczech powstało Stowarzyszenie Piusa, zrzeszające tamtejszych katolików. W roku 1870 powstało także podobne stowarzyszenie „Centrum”, które zrzeszało działaczy politycznych, jednak szanse na dobre relacje na linii państwo-Kościół pogrzebał Kulturkampf ustanowiony w 1871 przez Ottona von Bismarcka. Doprowadziło to do zakazu działalności niektórych zakonów, m.in. jezuitów, co było sprzeczne z konstytucją. Papież zaprotestował w 1873 przeciw „ustawom majowym”, a następnie w 1875 encykliką Quod nunquam, na co Bismarck odpowiedział dymisją 2/3 biskupów i zamknięciem seminariów duchownych. Pomysł kanclerza o zbudowaniu Kościoła narodowego okazał się jednak chybiony, gdyż jego działania nie podzieliły Kościoły w Niemczech.
W 1847 roku Pius zawarł także konkordat z Rosją, jednak nie dawał on prawie żadnych wymiernych korzyści. Ponieważ działania cara budziły sprzeciw, Pius beatyfikował Andrzeja Bobolę 30 października 1853 roku. Kiedy nowym carem został Aleksander II Romanow, papież zwrócił mu uwagę na nieprzestrzeganie konkordatu, a także na represyjną politykę wobec Polski, zwłaszcza podczas powstania styczniowego w 1863. 28 stycznia 1863 r.