W Mistrze rozkwit przeżywała również architektura bizantyjska. W mieście powstały liczne nowe obiekty sakralne, wieńczone kopułami i zdobione freskami.
W roku 1460, tj. w 7 lat po upadku Konstantynopola, despota Demetriusz II Paleolog poddał Mistrę sułtanowi Mehmedowi II Zdobywcy. Wielu mieszkańców emigrowało, administrację Morei przeniesiono do Tripolitsy, a oddalone od morza miasto utraciło dla sułtanów znaczenie strategiczne. Po korzystniejszym okresie okupacji weneckiej 1687–1715, powrót pod władzę osmańską przyniósł kolejny zastój i stałe ubożenie. W latach 1770 i 1825 wybuchały rozległe pożary.
Największe szkody w substancji budowlanej powstały związane są jednak z okresem po odzyskaniu przez Grecję niepodległości. Z rozkazu i z pomocą króla Ottona, miasto przeniesiono wtedy na odległą o 7 km lokalizację równinną, jako nową Spartę. Częściowej rozbiórce i w jej efekcie szybko postępującej ruinie, uległa wtedy większość budynków. We wrześniu 1944 ruiny Mistry były miejscem likwidacji, w zaciekłej walce, jednego z niemieckich Batalionów Bezpieczeństwa, ściganego przez ELAS i milicje powstańczeGrigoriadis Solon N.: Ιστορία της σύγχρονης Ελλάδας 1941-1974. T. I, s. 608, Ateny: Polaris, 2009, .. Ostatni mieszkańcy opuścili średniowieczną część Mistry w I połowie XX wieku.