Mistra przyciągać zaczęła zamożną ludność grecką, porzucającą tereny okupowane przez Normanów. Rozpoczął się szybki rozwój. Michał VIII Paleolog ustanowił tu stolicę nowego Despotatu Morei. Terytorium początkowo objęło południowo-wschodni Peloponez, pokrywając się z dawnymi terytoriami Sparty, następnie stopniowo rosnąc. Mistra, jako stolica despotatu, zarządzana była przez rodzinę cesarza. Funkcję despoty pełnili zwykle synowie lub bracia cesarza, często przewidziani na następców tronu. Za despoty Teodora I Paleologa Mistra stała się drugim, po Konstantynopolu, pod względem ważności miastem cesarstwa, powstał pałac, stanowiący drugą w państwie rezydencję cesarzy. Przez wiek XIV i pierwsze dekady XV stulecia Mistra przekształciła się w kulturalne i intelektualne centrum świata bizantyjskiego. Wspierała odrodzenie sztuki, przyciągała znakomitych uczonych i teologów. Wśród nich humanista i neoplatoński filozof Gemistos Plethon, który mieszkał w mieście do czasu śmierci w 1452 roku. Dokonał on reinterpretacji myśli platońskiej. Jego rewolucyjne koncepcje zakładały, iż ziemia powinna być rozdzielona pomiędzy pracujących, zaś rozum powinien stać na równi z religią. Zwolennicy filozofa, nauczający po upadku Mistry we Włoszech, wywarli znaczny wpływ na rozwój włoskiego renesansu w Rzymie i Florencji.