Portugalczycy formowali i wspierali kolejne marionetkowe rządy kongijskie broniące się przed najazdami wojowników z plemienia Jakas.
W XVI wieku w regionie pojawili się także Anglicy, Francuzi i Holendrzy, ale po krótkim panowaniu tych ostatnich, w roku 1648 Kongo ponownie znalazło się w rękach Portugalczyków. W tym czasie wzrósł znacznie handel niewolnikami. Polowanie na ludzi oddano w ręce krajowców, a biali zajęli się obsługą targowisk, przetrzymywaniem i ekspedycją schwytanych. W rezultacie wnętrze basenu dorzecza kongijskiego pozostało niezbadane przez następne dwieście lat.
Europejskie wyprawy naukowe thumb|upright|Georg Schweinfurth W dobie oświecenia wzrosło zainteresowanie Czarnym Lądem w Europie, a zwłaszcza w Anglii, gdzie zrodziło się pojęcie „szlachetnego dzikusa” oraz zapotrzebowanie na wiedzę o wnętrzu kontynentu. Rzeka Kongo, kojarzona od starożytności zarówno z Nilem, jak i Nigrem, budziła szczególne emocje.
W roku 1816 nad Kongo pojawiła się finansowana przez rząd brytyjski ekspedycja Jamesa Kingstona Tuckeya, który podjął się zbadać bieg rzeki Niger od tej właśnie strony. Wyprawa została zdziesiątkowana przez malarię i dyzenterię. Tuckey zdołał sporządzić mapę pierwszych 220 kilometrów rzeki, nim umarł.