Jednocześnie do czasu kanonicznego objęcia urzędu przez następcę zlecił mu sprawowanie funkcji administratora apostolskiego diecezji.
W ramach Konferencji Episkopatu Polski objął funkcję wiceprzewodniczącego Komisji ds. Dialogu z Judaizmem. W 1996 i ponownie w 2001 był wybierany przewodniczącym Komisji Duchowieństwa. W 2002 wszedł w skład Zespołu Biskupów ds. Duszpasterskiej Troski o Radio Maryja, a w latach 2012–2018 był jego przewodniczącym. W latach 2007–2012 był członkiem Rady Stałej. Wszedł także w skład Komisji Wspólnej Przedstawicieli Rządu RP i KEP. Ponadto w 1989 został wizytatorem apostolskim wyznaczonych seminariów diecezjalnych i zakonnych w Polsce, a w 1990 dyrektorem krajowym Papieskich Dzieł Misyjnych w Polsce. W 1999 jako reprezentant Episkopatu Polski wziął udział w Synodzie Biskupów w Rzymie.
W 2000 konsekrował biskupa pomocniczego toruńskiego Józefa Szamockiego. Był współkonsekratorem podczas sakr biskupa pomocniczego pelplińskiego Wiesława Śmigla (2012), arcybiskupa Manfredonii-Vieste-San Giovanni Rotondo Franca Mosconego (2019) i nuncjusza apostolskiego w Gwinei i Mali Tymona Chmieleckiego (2019).