W diecezji płockiej zajmował się sprawami: Wyższego Seminarium Duchownego, Niższego Seminarium Duchownego, Studium Soborowego, Instytutu Wyższej Kultury Religijnej, Wydawnictwa Diecezjalnego, Biblioteki Diecezjalnej, Archiwum Diecezjalnego oraz księży studentów. W 1991 został mianowany kanonikiem gremialnym Kapituły Katedralnej Płockiej.
19 marca 1992 Jan Paweł II przeniósł go na urząd biskupa diecezjalnego nowo utworzonej, na mocy bulli Totus Tuus Poloniae populus, diecezji toruńskiej. 25 marca 1992 kanonicznie objął diecezję, a 31 maja 1992 odbył ingres do katedry św. Jana Ewangelisty i św. Jana Chrzciciela w Toruniu. W 1993 utworzył Wyższe Seminarium Duchowne w Toruniu. Przyczynił się do powstania Wydziału Teologii na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika, w którym objął urząd wielkiego kanclerza. Współorganizator cyklu konferencji Colloquia Torunensia, poświęconych współczesnym problemom teologicznym i społecznym. W swoim pierwszym dekrecie biskupim utworzył toruński oddział Caritas. Wsparł budowę Hospicjum „Światło”, Centrum Dialogu Społecznego, burs szkolnych oraz okna życia. 11 listopada 2017 papież Franciszek przyjął jego rezygnację z urzędu biskupa diecezjalnego toruńskiego.