Po unii lubelskiej z 1569 roku całe Polesie znalazło się w granicach Rzeczypospolitej Obojga Narodów (I Rzeczypospolitej). Podzielone było między Wielkie Księstwo Litewskie – Polesie Litewskie (województwo brzeskolitewskie i część mińskiego) i Koronę Królestwa Polskiego – Polesie Wołyńskie (część wołyńskiego i kijowskiego). Teren położony na południe od Pińska nazywano Zarzeczem, a położony na północ Zahorodziem. W węższym znaczeniu Polesiem nazywano tylko województwo brzeskolitewskie i tak występuje na ówczesnych mapachJarosław Łuczyński Przestrzeń Wielkiego Księstwa Litewskiego na mapie radziwiłłowskiej Tomasza Makowskiego z 1613 roku w świetle treści kartograficznej i opisowej, Zapiski historyczne, tom LXXVIII, rok 2013..
W 1596 w Brześciu Litewskim zawarto unię brzeską łączącą Cerkiew prawosławną na terenie Rzeczypospolitej z Kościołem katolickim i tworzącą z niej Kościół unicki (greckokatolicki). W Pińsku natomiast powstało kolegium jezuitów, w którym prowadził działalność Andrzej Bobola.