2000–2009 W marcu odebrał kolejną nagrodę Echo w kategorii artysta roku, był także nominowany do zdobycia statuetki za wygraną w kategorii Pop-rockowy singiel roku (za utwór „Siehst du mich”). Pod koniec czerwca wydał swój nowy singiel „Seine Strassen”. W tym samym roku nagrał także utwór „Alles” w duecie z Sabriną Setlur. W ciągu kolejnych miesięcy pojawił się gościnnie na singlach kilku innych niemieckojęzycznych artystów: w utworze „Über sieben Brücken musst du gehen” szwajcarskiego piosenkarza , „Jeanny” niemieckiego zespołu Reamonn i „Way to Mars” producenta M2. W listopadzie 2000 razem z zespołem Söhne Mannheims wydał album pt. Zion. thumb|Xavier Naidoo (2002) 25 marca 2002 wydał trzeci solowy album studyjny pt. Zwischenspiel/Alles für den Herrn, który dotarł do pierwszego miejsca listy najczęściej kupowanych płyt w Niemczech i Austrii oraz trzeciego w Szwajcarii. Krążek był promowany przez single „Lied (Du Nur, Du)”, „Wo willst du hin?”, „Abschied nehmen”, „Bevor du gehst” i „Wenn ich schon Kinder hätte”, który został nagrany z gościnnym udziałem Michaela „Curse’a” Kurtha. W tym samym roku ponownie zdobył Europejską Nagrodę Muzyczną MTV dla najlepszego niemieckiego wykonawcy, a także udzielił swojego głosu postaci Kapiszona w niemieckiej wersji językowej filmu Miasto Boga oraz nawiązał współpracę z raperem Robertem F.