W rok po tych wydarzeniach, 3 października 1911 bracia spalili swój dom i wyruszyli poszukiwać sposobu na odzyskanie dawnych ciał. W międzyczasie Edward zostaje zwerbowany przez Roya Mustanga i pomyślnie przechodzi egzamin na Państwowego Alchemika, otrzymując przydomek „Stalowy”. Ponieważ otworzył Bramę Prawdy, nie potrzebuje rysować kręgów transmutacyjnych – używa zdolności alchemicznych klaskając dłońmi.
Od tej chwili bracia szukają kamienia filozoficznego, dzięki któremu mogliby odzyskać ciała. Udaje mi się zdobyć informacje o nim, od doktora Marcoh, który kiedyś nad nim pracował. Niebawem trafiają na ślady homunkulusów, mając nadzieję, że dzięki ich nieśmiertelności zdołają także osiągnąć swój cel. Aby zbliżyć się do homunkulusów, Edward chce prowokuje Scara, zabijającego Państwowych Alchemików, do ataku i dzięki temu wkrótce pojawia się Gluttony. Z pomocą Linga, Lan Fan i Fu, a także Mustanga udaje się schwytać i uwięzić homunkulusa. W ataku gniewu Gluttony uwalnia się i przypadkowo pożera Eda, Linga oraz Envy'ego. Dzięki umiejętnościom alchemicznym Eda, udaje im się wydostać, po czym trafiają do siedziby Ojca.