Inne interpretacje wskazują na znaczenia „Fort Boga” lub „Fort Tay”.
W 1191 roku Dundee otrzymało prawa miejskie oraz status miasta królewskiego (royal burgh), co świadczy o istnieniu dużego i znaczącego ośrodka. Edward I Długonogi odebrał mu prawa miejskie, lecz w 1327 roku Robert I Bruce przywrócił je i nadał nowe przywileje. W 1545 roku, w związku z działaniami wojennymi znanymi jako , Dundee zostało otoczone murem i ufortyfikowane. W lipcu 1547 roku znaczna część miasta uległa zniszczeniu na skutek ciężkiego ostrzału artyleryjskiego wojsk angielskich. W 1645 roku, podczas I angielskiej wojny domowej, Dundee było oblężone przez rojalistę Jamesa Grahama, 1 Markiza Montrose. W 1651 roku, w trakcie III angielskiej wojny domowej, miasto zostało zdobyte przez generała George’a Moncka, dowódcę sił Olivera Cromwella w Szkocji. Podczas najazdu wojska angielskie zniszczyły znaczną część zabudowy oraz dopuściły się masakry ludności cywilnej. Dundee odegrało również rolę w powstaniach jakobickich – po zwycięstwie John Graham, 1 Wicehrabia Dundee, wzniósł na wzgórzu Dundee Law sztandar Stuartów, co przyniosło mu przydomek Bonnie Dundee.