Zakończenie I wojny światowej i obrady konferencji w Wersalu w 1919 roku zmieniły sytuację geopolityczną Pomorza. Nowy Staw stał się częścią Wolnego Miasta Gdańska. Parafia św. Mateusza została wyłączona z diecezji warmińskiej i w 1922 roku włączona do Administratury apostolskiej Wolnego Miasta Gdańska, przekształconej bullą Universa Christi fidelium cura z roku 1925 w diecezję gdańską. W jej ramach nowostawska parafia funkcjonowała do 25 marca 1992 roku, czyli utworzenia diecezji elbląskiej.
W latach 1924–1996 w Nowym Stawie znajdował się dom zakonny Sióstr Elżbietanek oraz zakonna kaplica półpubliczna pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa.
25 marca 2002 roku biskup elbląski Andrzej Śliwiński ustanowił przy parafii Kapitułę Kolegiacką Żuławską.
W tutejszej parafii został ochrzczony i wychował się biskup ordynariusz diecezji pelplińskiej ks. Ryszard Kasyna.