Od początku swego istnienia, aż do roku 1525 nowostawska parafia była częścią diecezji pomezańskiej. Parafia stała się siedzibą dekanatu. Po sekularyzacji Prus w 1525 roku diecezja pomezańska straciła swój katolicki charakter. Nowy Staw był jednak ostoją wyznania katolickiego na Żuławach. Na mocy bulli Cum ecclesiae Culumensi 1617 roku administrację nad diecezją pomezańską przejęli biskupi chełmińscy. Parafia w Nowym Stawie funkcjonowała wówczas w ramach oficjałatu malborskiego. 250 px|right|thumb| Ołtarz główny w kościele św. Mateusza 250 px|right|thumb| Tabernakulum W 1821 roku doszło do kolejnej zmiany przynależności administracyjnej parafii. Rząd pruski przystąpił do pertraktacji ze Stolicą Apostolską w sprawie zmiany granic diecezjalnych, zgodnych z granicami ustalonymi na kongresie wiedeńskim w 1815 roku. Papież Pius VII bullą De salute animarum z 1821 roku dokonał podziału diecezji chełmińskiej; parafia w Nowym Stawie stała się częścią diecezji warmińskiej.