Położenie w kotlinie sprawia, że miasto często cierpiało z powodu smogu.
Średnia roczna temperatura powietrza w Ratyzbonie wynosi 8 °C. Całkowita roczna suma opadów to ok. 646 mm. Najcieplejszymi miesiącami są czerwiec, lipiec i sierpień (średnia temp. 16,2 °C–18,0 °C), a najchłodniejszymi grudzień, styczeń i luty (średnia temp. -0,9 °C–2,7 °C). Najobfitsze opady występują pomiędzy czerwcem a sierpniem (74–93 mm), a najmniejsze w marcu i w listopadzie (33–39 mm).
Geografia społeczno-gospodarcza Sąsiednie gminy Miasto Ratyzbona graniczy z następującymi gminami i miastami należącymi do ratyzbońskiego powiatu: Lappersdorf, Zeitlarn, Wenzenbach, Tegernheim, Barbing, Neutraubling, Obertraubling, Pentling, Sinzing oraz Pettendorf.
Podział administracyjny i zagospodarowanie przestrzenne Ratyzbona charakteryzuje się zwartą strukturą, co przekłada się na relatywnie krótkie ulice i raczej homogeniczne osadnictwo (z wyjątkiem Starego Miasta oraz terenów zielonych wokół uniwersytetu i wysp Wöhrde).
Na początku XIX w. Ratyzbona leżała praktycznie w granicach dawnego obozu rzymskiego, rozciągając się nieznacznie na sąsiednie tereny zachodnie. Po nadaniu Kumpfmühl praw gminy, miasto rozrosło się poza granice południowej linii kolejowej (1810–1818). W XX w.