Geografia fizyczna Położenie Ratyzbona położona jest nad Dunajem, przy ujściu rzek Naab i Regen. W granicach miasta znajdują się dwie wyspy: Untere Wöhrd i Obere Wöhrd. Początkowo część miasta Stadtamhof leżała na północnym brzegu Dunaju, ale po wybudowaniu kanału Men-Dunaj, stała się trzecią wyspą.
Miasto leży na styku czterech krain: Jury Frankońskiej, Lasu Bawarskiego, doliny Dunaju (dolnobawarskiej równiny lessowej; ) oraz dolnobawarskich wzgórz trzeciorzędowych. To specyficzne położenie geograficzne wyznacza kierunki i granice rozwoju przestrzennego Ratyzbony. Ponieważ poszerzanie miasta w kierunku północnym i zachodnim jest bardzo ograniczone, nowe dzielnice powstają na wschodzie i południu, w przestronnej dolinie Dunaju i u stóp dolnobawarskich wzgórz trzeciorzędowych.
Klimat thumb|300px|Diagram klimatyczny Ratyzbony Miasto leży w strefie klimatu umiarkowanego z wpływami kontynentalnymi. W przeciwieństwie do mokrego klimatu bawarskiego przedgórza Alp klimat Ratyzbony charakteryzuje się suchymi latami. Przez miasto przebiega północna granica występowania fenu, który dociera tu już raczej rzadko. Jesienią i zimą powstają tu gęste mgły i nisko płynące stratusy. Pokrywa śnieżna rzadko utrzymuje się przez dłuższy okres.