Z powodu schorzenia kręgosłupa nie został zmobilizowany w 1939 roku. Po niemieckiej agresji na Polskę zamieszkał przy ulicy Pędzichów 19 w Krakowie. W czasie wojny uczestniczył w tajnym nauczaniu. Aresztowany przez Niemców 30 stycznia 1941 w drodze na lekcję, był więziony w krakowskim więzieniu przy ul. Montelupich, a następnie 5 kwietnia 1941 został deportowany do niemieckiego obozu koncentracyjnego KL Auschwitz-Birkenau, gdzie otrzymał nr obozowy 11795. 23 kwietnia – według niektórych relacji innych więźniów – dobrowolnie zgłosił się do wymiany za młodego współwięźnia skazanego na śmierć głodową z 9 innymi mężczyznami podczas apelu wieczornego w ramach kary za ucieczkę jednego z więźniów. Zmarł 27 kwietnia, w podziemiach bloku 11 jako pierwszy z grupy skazanych, prawdopodobnie z powodu znacznego wycieńczenia organizmu. Tamtą „wybiórkę” zapamiętało wielu więźniów, którym udało się przeżyć Oświęcim. Jeden z nich, Roman Organiściak, pisze:

20 marca 1972 r. Rada Państwa PRL przyznała pośmiertnie Marianowi Batce Krzyż Złoty Orderu „Virtuti Militari”