Większość (96%) zakażonych nie jest świadoma swojego stanu, ponieważ zazwyczaj przewlekła infekcja jest skąpoobjawowa i trwa latami. Średni czas trwania zakażenia HCV, od momentu wniknięcia wirusa do ustroju do poważnych problemów zdrowotnych, jest zazwyczaj dłuższy niż w przypadku HIV i trwa 5 do 35 lat. Choroba często kończy się marskością i rakiem wątroby, poprzedzonymi poważnymi komplikacjami, uniemożliwiającymi normalne funkcjonowanie (wodobrzusze, żylaki i krwawienia przełyku, żółtaczka, problemy z krzepliwością krwi, zaburzenia psychiczne, do śpiączki wątrobowej włącznie). Zapaleniu wątroby, wywołanemu przez HCV, często towarzyszą choroby autoimmunologiczne, w tym autoimmunologiczne zapalenie wątroby (AIH), które znacznie pogarszają rokowanie i czas przeżycia.
Drogi i mechanizm zakażenia Źródło zakażenia stanowią ludzie chorzy na WZW i nosiciele. HCV przenosi się podczas kontaktu krwi własnej z krwią nosiciela. Potencjalnie zakaźny jest każdy materiał zawierający krew. Wirus przenosi się w czasie zabiegów medycznych: pobierania i transfuzji krwi, zabiegów operacyjnych i innych, a także przez zabiegi niemedyczne, takie jak wykonywanie tatuażu, wstrzykiwanie narkotyku niesterylną igłą lub strzykawką itd. Prawdopodobieństwo zakażenia przez produkty krwiopochodne wynosi 3,3%.