w przypadku setek wyznań protestanckich, które wzajemnie na siebie wpływały (problemu tego nie ma w klasyfikacji religia-wyznanie, w której wszystkie te wyznania należą po prostu do chrześcijaństwa), oraz w przypadku sikhizmu, który czerpał zarówno z hinduizmu jak i islamu (co jest problemem również w klasyfikacji religia-wyznanie). Chociaż większość współczesnych wyznań można umieścić na kilku drzewach, żeby przedstawić wszystkie wyznania potrzeba bardzo wielu drzew – nieznane są po prostu powiązania pomiędzy poszczególnymi religiami plemiennymi. Klasyfikacja genetyczna więc w niewielkim stopniu klasyfikuje te religie.
Ostatnim problemem jest interpretacja wspólnych gałęzi – bardzo często w przypadku rozłamu więcej niż jedno wyznanie uważa się za "pierwotne", np. zarówno katolicyzm jak i prawosławie uważają się za spadkobierców przedrozłamowego chrześcijaństwa, uważając że to druga z gałęzi dokonała rozłamu. Najlepiej więc unikać etykietowania w drzewie genetycznym czegokolwiek oprócz samych liści, jeśli nie jest to niezbędne.