Nigdy jednak nie ukończono projektu.
W wyniku restrukturyzacji PKP w 1991 roku, chojnicka lokomotywownia została połączona z Oddziałem Napraw Wagonów oraz Rewizji Technicznej i Obsługi Wagonów, tworząc Zakład Taboru (ZT) Chojnice. W wyniku kolejnych zmian we wrześniu 1999 roku zakład ten został połączony z zakładem w Gdyni pod nazwą „Zakłady Taboru w Gdyni – oddział Chojnice”. Przez lata był to ważny zakład pracy dla mieszkańców miasta, z czasem jednak w wyniku kolejnych restrukturyzacji liczba pracowników malała. Gdy w 1996 roku zakład ten zatrudniał 597 osób, w 2001 było to tylko 365 pracowników.
1 kwietnia 1991 wraz z likwidacją parowozowni w Kościerzynie zakończyła się obsługa planowych pociągów pasażerskich trakcją parową. W 1992 r. w relacji Kościerzyna – Gdynia pojawiły się pierwsze szynobusy serii SA101, które okazały się wówczas za małe i wkrótce zostały przeniesione na linie o mniejszych potokach podróżnych, w tym na trasę Chojnice – Kościerzyna. mały|Dworzec w Chojnicach w 2009 roku. W marcu 2001, dzięki interwencji i dofinansowaniu samorządu województwa pomorskiego, linia Chojnice – Kościerzyna została uratowana przed likwidacją.
W 2007 r. ze stacji w Chojnicach wyruszył pierwszy pociąg spółki Arriva PCC Rail (późniejsza Arriva RP).