Aby podnieść rangę miejscowości, właściciele uzyskali dla Konotopu prawa miejskie. Cesarz Józef I w 1706 nadał miejscowości herb i stosowne przywileje. Uwzględniając nazwę i legendarny przekaz, w herbie umieszczono konia zanurzonego do połowy w wodzie. Mimo uzyskania praw miejskich i dogodnego położenia między szlakami handlowymi, Konotop nigdy nie rozwinął się w większy ośrodek. Także jego zabudowa zachowała cechy wiejskie. W 1706 do kościoła dobudowano prezbiterium, nadając mu cechy barokowe. W 1742 zbudowano w Konotopie zbór ewangelicki, nazywany w źródłach Bethaus (Friedenskirche). Na polecenie Adama Heinricha von Kottwitz otwarto w Konotopie, w 1790, szkołę ewangelicką. Pod koniec XVIII wieku ludność miasteczka liczyła 831 osób. W XVIII-wiecznym Konotopie prócz założenia pałacowo-parkowego znajdował się folwark, szkoła, szpital (ze względów epidemiologicznych umiejscowiony na obrzeżach), dwa domy parafialne, młyn wodny i 3 wiatraki (identyczne zachowały się w pobliskim Lubięcinie). W tym czasie miejscowość podzielona była na dwie części – miejską i dominialną.