Około 1576 Konotop przeszedł we władanie Sigismunda von Kottwitza, spokrewnionego z Wolffem Dyherrnem (szwagier?). W końcu XVI w. przy kościele wzniesiono drewnianą dzwonnicę, do której dzwon ufundowała Anna von Kottwitz w 1595. Dzwon (bogato pokryty inskrypcjami) odlany w pracowni Georga Wielda w Żytawie (Zittau) istnieje do dziś. Dzwonnica zaś została po II wojnie światowej przeniesiona z dotychczasowej lokalizacji na południe od kościoła, na miejsce, w którym stoi do dziś – na północny zachód od świątyni.
Adam Wenzel von Kottwitz rozpoczął w 1693 gruntowną przebudowę dawnego renesansowego dworu, ukończoną w grudniu 1696. Na jego miejscu powstała barokowa rezydencja, z powodu bagnistości terenu posadowiona na osadzonych w gruncie dębowych palach. Budowla była zwrócona frontem ku wschodowi i posiadała dwa skrzydła, między którymi umiejscowiono ogród. Zachowano fosę, którą rozbudowano i wkomponowano w założenie parkowe.
Między XVI a XVIII w. Konotop wraz z kilkoma innymi okolicznymi miejscowościami (Nowa Sól, Otyń, Kolsko, Klenica) był jednym z nielicznym skupisk polskiej ludności po zachodnim brzegu Odry. Stopniowo nasilające się osadnictwo niemieckie zmieniło charakter etniczny wsi.