Resztę materiału, napisanego jeszcze w 1979, umieścił na studyjno-koncertowym albumie pt. Havana Moon z 1983, który osiągnął przyzwoity sukces komercyjny. Wcześniej wziął udział w sesji nagraniowej z McCoyem Tynerem na album pianisty pt. Looking Out z 1982, a w 1983 wystąpił z nim na Kool Jazz Festivalu w San Francisco. Poza tym nawiązał studyjną współpracę z Leonem Patillą, Stanleyem Clarkiem i José Feliciano oraz zrealizował nagrania demo z Greggiem Roliem na potrzeby projektu Friends Again, ale nagrania nie doczekały się premiery.
W 1986 premierę miał album pt. Dance to the Beat of the Drum, który nagrał z perkusistą Mickeyem Hartem. W 1987 wydał utwór „Trane”, który dwa lata wcześniej nagrał z perkusistą Tonym Williamsem. W tym samym roku premierę miał film biograficzny Luisa Valdeza La Bamba o Ritchiem Valensie, do którego Santana współtworzył ścieżkę dźwiękową. Również w 1987 wydał solowy album pt. Blues for Salvador, zawierający częściowo materiał zarejestrowany dwa lata wcześniej podczas sesji do niewydanej płyty pt. Love Never Fails. Za płytę otrzymał nagrodę Grammy za najlepszy występ rocka instrumentalnego. Wiosną 1988 zagrał serię koncertów na europejskich festiwalach muzycznych z saksofonistą Wayne’em Shorterem. Na przełomie lat 80. i 90.