Takauji i jego następcy nie byli w stanie stworzyć niekwestionowanego autorytetu swojej władzy
Słabość rodu Ashikaga w pełni ujawniła się podczas wojny ery Ōnin (1467–1477), która toczyła się wewnątrz Kioto i na terenach otaczających to miasto. Stronami konfliktu były rody Hosokawa i Yamana, walczące o uzyskanie władzy centralnej w stolicy. W miarę trwania walk zwalczające się rody zdały sobie sprawę, że walki w stolicy są mniej istotne, niż sytuacja w prowincjach. Władza centralna nie była już w stanie ich kontrolować, lokalni gubernatorzy wojskowi byli zdani wyłącznie na siebie. Niewielu zdołało utrzymać swoje pozycje w starciu z nowymi rodami, którymi często byli ich wasale. Stali się oni nowymi posiadaczami ziemskimi daimyō, którzy w ciągu następnych czterystu lat odegrali ważną rolę w historii kraju.
Architektura i kultura W okresie Muromachi powstało wiele ważnych budowli, w tym rezydencje siogunów przekształcone w świątynie buddyjskie: Hana-no-Gosho (Pałac Kwiatów), zbudowany w Kioto przez sioguna Yoshimitsu Ashikagę w 1378 roku; Kinkaku-ji („Świątynia Złotego Pawilonu”) została zbudowana w Heian-kyō w 1397 roku; Ginkaku-ji („Świątynia Srebrnego Pawilonu”), ukończona w 1483 roku;