Archeolog Bargil Pixner OSB potwierdza, że miejsca, w których żydowscy chrześcijanie spotykali się w celach liturgicznych były zwane synagogami. Teorię tę potwierdza relacja Euzebiusza z Cezarei, że na górze Syjon funkcjonował przerobiony z synagogi kościół Apostołów, w którym pod przewodnictwem biskupa Szymona gromadziła się wspólnota judeochrześcijan. Ta judeochrześcijańska synagoga stała się znana jako „kościół Apostołów”.
W 335 roku z cesarskiego polecenia na miejscu wcześniejszego domu modlitw zbudowano bazylikę, która także była określana jako „kościół Apostołów” lub „górny kościół Apostołów”, a później – od V wieku – jako „Syjon, matka wszystkich kościołów”. W 348 roku o „górnym kościele Apostołów” wspominał Cyryl Jerozolimski. Na początku wieku po raz pierwszy poświadczono tradycję lokowania w tym miejscu „sali na górze”, w której Jezus spożył z uczniami Ostatnią wieczerzę. Ówczesne potwierdzenie było prawdopodobnie konsekwencją wcześniejszej tradycji lokującej zesłanie Ducha Świętego na górze Syjon. W 370 roku Optat z Mileve nie odnotował faktu istnienia na Syjonie żadnej synagogi, ale o bazylice wspomina Egeria, która podróżowała po Palestynie w 393 roku, współcześni jej Cyryl Jerozolimski, oraz Paula Rzymianka.