Dzięki znakomitej reputacji jaką uzyskał w tym okresie, został uznany za jednego z 6 najlepszych oficerów niemieckiej floty podwodnej, i 17 grudnia 1938 roku otrzymał samodzielne dowództwo okrętu nowego typu VIIB U-47Busch, R., Roll, H.,J.,: German U-Boat Commanders, s. 201. Podczas przeprowadzonej w maju następnego roku gry wojennej na Atlantyku, został uznany za najbardziej agresywnego dowódcę, który strzela z najbliższej odległości i odnotował najwyższą liczbę trafień.
Druga wojna światowa Zasłynął brawurową akcją zatopienia brytyjskiego pancernika HMS „Royal Oak” w bazie brytyjskiej marynarki wojennej w Scapa Flow 13/14 października 1939. Po tej operacji został pierwszym dowódcą niemieckich okrętów podwodnych odznaczonym Krzyżem Rycerskim Krzyża Żelaznego. Po akcji marynarze z U-47 wymalowali na kiosku okrętu szarżującego byka, stąd wziął się przydomek Priena – Der Stier von Scapa Flow (Byk ze Scapa Flow). Podobnie jak Karl Dönitz, Prien był nazistą z przekonania, z nazistowskimi poglądamiPeter Padfield: War beneath the sea, s. 61. Obecny zaś na konferencji prasowej z udziałem Priena w Berlinie – po jego sukcesie w Scapa Flow – amerykański dziennikarz William Shirer, opisał go jako „czystego, zarozumiałego i fanatycznego nazistę”Peter Padfield: War beneath the sea, s.