Przy kościele znajdował się cmentarz podrzutków.
Według opisu z 1748 roku był to niewielki kościół murowany, kryty dachówką, z drewnianą sygnaturką w środkowej części dachu. W prezbiterium znajdowały się stalle i ołtarz z obrazem Zesłania Ducha Świętego. W nawie były dalsze dwa ołtarze, Najświętszej Marii Panny i św. Marcina. Główne wejście do świątyni prowadziło pod chórem muzycznym. Od północy do nawy przylegała kaplica na planie trapezu, o sklepieniu sieciowym. Aby chorzy mogli uczestniczyć w nabożeństwach, główna sala sąsiadującego z kościołem szpitala była połączona z jego wnętrzem łukiem arkadowym.
Zachowana ikonografia kościoła (m.in. rysunek Józefa Brodowskiego z 1841) przedstawia kościół jako skromną świątynię o barokowej fasadzie, flankowanej podwójnymi pilastrami z trójkątnym przyczółkiem.
W 1783 nastąpiła kasata zakonu duchaków, ostatni z nich zmarł pięć lat później. Do klasztoru przeprowadzili się księża emeryci, a kościół wyłączono z kultu. Część zabudowań wydzierżawiono pod manufakturę sukienną, a w budynku kościoła znalazł się skład wełny.