Kościół Świętego Ducha – kościół w Krakowie znajdujący się w miejscu dzisiejszego placu św. Ducha. Kościół funkcjonował od średniowiecza do XIX wieku i wchodził w skład kompleksu klasztorno-szpitalnego duchaków.
Historia Duchacy zostali sprowadzeni w to miejsce w 1244 r. - biskup Prandota oddał im wówczas kościół św. Krzyża. Obok urządzili oni szpital i klasztor. Zapewne pierwotne budynki były drewniane, stopniowo wymieniane na murowane. Pierwsza wzmianka o wchodzącym w skład ich zabudowań kościele Ducha św. pochodzi z 1333. Już w XIV w. pieczę nad szpitalem – największym w Krakowie – zaczęła przejmować rada miejska, z ramienia której działał opiekun (prowizor). W XV w. pojawiają się w źródłach duchaczki, które zajmowały się chorymi kobietami, a których niewielki klasztor powstał na południe od kościoła św. Ducha. Klasztor i szpital były bogato uposażone, m.in. posiadały wsie Krowodrza i Wola Duchacka.
W 1528 kościół uległ pożarowi, który strawił również pobliskie zabudowania, ale niebawem go odbudowano. Pracami budowlanymi kierował włoski mistrz murarski Antoni Morosi. Przy kościele znajdowała się szkoła parafialna. Pod koniec XVII w. rozbudowano szpital dzięki zapisowi biskupa Andrzeja Trzebickiego.