Wektor generalnie powinien być stosunkowo niewielki, najlepiej o rozmiarze poniżej 10 kpz, ponieważ większe są trudne w manipulacji. Wielkość plazmidów bakteryjnych waha się między 1 kpz a ponad 250 kpz, co ogranicza zastosowanie wielu z nich w inżynierii genetycznej.

Dzięki posiadaniu miejsc wielokrotnego klonowania wektory mogą zostać przecięte w jednym miejscu przez jeden z odpowiednich enzymów restrykcyjnych i w procesie ligacji włączyć cząsteczkę obcego DNA (tzw. insert, „wstawka”) przeciętą tym samym enzymem. Wektory mogą jednak się również zamknąć bez włączenia obcego DNA (autoligacja).

Takie plazmidy mogą być pobrane przez komórkę dzięki osiągnięciu stanu kompetencji, kiedy błony stają się przepuszczalne dla DNA. W tym celu komórki można inkubować w stężonym roztworze soli wapniowych, stosować szok cieplny. Można również wprowadzić DNA w wyniku podziałania silnym impulsem elektrycznym (elektroporacja). Wraz z podziałami komórkowymi powstają nowe klony komórek (widocznych jako kolonie bakterii), a z nich można wyizolować klonowany DNA).