Najwyższym punktem w stanie jest Eagle Mountain (701 m n.p.m.), który znajduje się 20,9 km od najniższego u brzegów Jeziora Górnego (183 m n.p.m.). Pomimo tej znacznej lokalnej różnicy w wysokościach, reszta stanu jest delikatnie falistą penepleną. Dwa kontynentalne zlewiska spotykają się w północno-wschodniej części Minnesoty w Hibbing, tworząc potrójne dorzecze. Wody z opadów atmosferycznych mogą kierować się wraz z Missisipi na południe do Zatoki Meksykańskiej, Drogą Wodną Świętego Wawrzyńca na wschód do Atlantyku lub wododziałem Zatoki Hudsona do Oceanu Arktycznego. Stanowy przydomek „Ziemia 10 000 jezior” (), nie jest wyolbrzymieniem, znajdują się tu 11 842 jeziora liczące co najmniej 10 akrów. Część Jeziora Górnego należąca do Minnesoty jest największym (3896 km²) i najgłębszym (393 m) zbiornikiem wodnym w stanie. W Minnesocie znajduje się 6564 naturalnych rzek i potoków, których łączna długość liczy ok. 111 000 km. Największa z nich to Missisipi, zaczynająca swój bieg na jeziorze Itasca i przecinająca granicę z Iową na 1094. km swojej długości. W stanie zasilają ją m.in. takie rzeki jak: Minnesota (w okolicach Fortu Snelling), St. Croix (koło Hastings), Chippewa (koło Wabasha) oraz wiele mniejszych.