1,1 mld lat temu, można stwierdzić, że aktywność geologiczna Minnesoty zdecydowanie przygasła, brak tu wulkanizmów bądź ruchów górotwórczych, lecz powtarzające się wtargnięcia morza pozostawiły wieloskładnikowe warstwy skał osadowych.
W czasach bardziej współczesnych masywny lodowiec o grubości co najmniej 1 km spustoszył pejzaż oraz ukształtował aktualną rzeźbę terenu. Zlodowacenie Wisconsin opuściło te tereny około 12 000 lat temu. Lodowiec pokrywał całą Minnesotę, z wyjątkiem południowo-wschodnich krańców, okolic charakteryzujących się stromymi wzgórzami oraz potokami przecinającymi podłoże skalne. Obszar ten znany jest jako Driftless Area, ponieważ nie występują tu moreny polodowcowe. W pozostałej części stanu, prócz północnego wschodu, cofający się lodowiec pozostawił warstwę ok. 15 m gliny zwałowej. 13 000 lat temu północno-zachodnie tereny kształtowało gigantyczne jezioro Agassiz; odpływ jeziora, rzeka lodowcowa Warren wyrzeźbiły obecną dolinę rzeki Minnesota, a jego dno pozostawiło żyzne gleby w dolinie rzeki Red River. Obecnie Minnesota jest spokojna geologicznie, rzadko doświadcza trzęsień ziemi, a większość z nich jest niegroźna.