Później jednak, prawdopodobnie przed rokiem 1572 na nowo został on odbudowany i to w dość obszernych rozmiarach, gdyż przez cały czas, kiedy luteranie panowali w Chojnicach (od 1555 do 1616 r.), proboszcz chojnicki mieszkał zwykle w Powałkach, przez co kościół tutejszy stał się nawet parafialnym i to zarówno dla Chojnic, jak i dla Nowej CerkwiJakub Fankidejski, Utracone kościoły i kaplice w dzisiejszej dyecezyi chełmińskiej podług urzędowych akt kościelnych, Pelplin 1880, s. 329-330.. Fundatorem nowego kościoła był Jerzy Lewald, dziedzic Powałek i gorliwy katolik, który chcąc zachować sąsiednią szlachtę przy wierze katolickiej, wzniósł tam kościół, zapewniając przy tym proboszczowi dotację. 20 stycznia 1617 r. arcybiskup Gembicki przyłączył kaplicę w Powałkach wraz z całą wsią do parafii w Nowej CerkwiDiecezja chełmińska. Zarys historyczno-statystyczny, red. Czaplewski, Frydrychowicz, Glemma, Mańkowski, Panski, Pelplin 1928, s. 205-207.P. Panske, Chojnice i Człuchowo w czasach tak zwanej Reformacji i Przeciwreformacji, Toruń 1925, s. 13-14.. Już rok później, w 1618 r. kaplica w Powałkach, wolą dziedziców tejże wsi – Piotra Lewalda Powalskiego, Jana Gleissena Doręgowskiego oraz Pawła Knuta – została inkorporowana do parafii w Chojnicach, tak że do parafii w Nowej Cerkwi należała zaledwie rok.