Kompletną klapą był jednak start w Pucharze Chorwacji, gdzie po wyeliminowaniu swojego filialnego klubu, HAŠK Zagrzeb 8:0, Dinamo przegrało w rezerwowym składzie z drugoligowym zespołem NK Naftaš Ivanić 1:2. W następnym sezonie Dinamo wystartowało w kwalifikacjach do Ligi Mistrzów, gdzie w pierwszej rundzie zdemolowali litewski zespół Ekranas Poniewież, w Poniewieżu wygrywając 4:1, po golach Marijana Buljata, Davora Vugrineca i Eduardo, i na Maksimirze triumfując 5:2, gdzie hat tricka zaliczył Goran Ljubojević. Warto zauważyć, że w drugim spotkaniu gola na 4:1 zdobył Vukojević. Później jednak marzenia o Lidze Mistrzów z głów „Modrich” wybił Arsenal F.C., który na Maksimirze triumfował 3:0, po golach Cesca Fàbregasa i Robina van Persie. Na Emirates Stadium było tylko trochę lepiej, bo drużyna Dinama prowadziła 1:0 po golu Eduardo w 12 minucie, jednak potem w 77 minucie do wyrównania doprowadził Fredrik Ljungberg, a w 90 minucie zwycięstwo dał francuski rezerwowy Mathieu Flamini. Ogółem Vukojević wystąpił w 6 spotkaniach zespołu, nie zdobywając żadnego gola.