W latach 90. rozgłośnie popadły w problemy finansowe, rozważano nawet poważnie ich likwidację. Ostatecznie w 1995 roku przeniesiono rozgłośnię z Monachium do Pragi, do budynku po byłym parlamencie czechosłowackim niedaleko placu Wacława, podarowanym RWE/RS przez prezydenta Czech Václava Havla. Serwisy czeski, słowacki i węgierski zostały włączone w struktury krajowych rozgłośni tych państw. W tym czasie RWE/RS rozpoczęła nadawanie audycji m.in. do niektórych krajów powstałych po rozpadzie Jugosławii, do Iraku i Iranu (już wcześniej działał serwis afgański), a także w językach północnego Kaukazu. Największym serwisem pozostaje całodobowy serwis rosyjski.
Od marca 2009 Radio Free Europe/Radio Liberty mieści się w nowo wybudowanym budynku w praskiej dzielnicy Hagibor, położonym 10 minut od centrum Pragi. W roku 2017 rozgłośnia została uznana w Rosji za agenta zagranicy.
W lipcu 2018 Radio Wolna Europa zapowiedziało wznowienie nadawania serwisów informacyjnych i audycji publicystycznych dla Bułgarii i Rumunii w celu walki z fake newsami i promowania rzetelnego dziennikarstwa. 14 stycznia 2019 roku wznowiono nadawanie audycji przygotowywanych przez sekcję rumuńską Radia Wolna Europa (Radio Europa Libera).