Natangia stała się celem podboju przez zakon krzyżacki od roku 1238, gdy zdobyto gród Bałga nad Zalewem Wiślanym. Do roku 1241 Natangowie, Warmowie i Bartowie – pokonani podczas oblężenia Bałgi – poddali się Zakonowi. Krzyżacy zbudowali wówczas na terenie natangijskim zamek Krzyżbork (Kreuzburg) i zaczęli zasiedlanie ich ziem. Proces ten opóźniło I powstanie pruskie (1247–1249). W wyniku klęski Prusów i na podstawie układu w Dzierzgoniu (7 lutego 1249) północna Natangia poddała się Zakonowi, ale Natangowie z południa stawiali opór zadając nawet Krzyżakom znaczną klęskę w bitwie pod wsią Kruki (29 listopada 1249). Dopiero dzięki wsparciu rycerstwa, głównie z Niemiec, oraz zawarciu sojuszu z litewskim księciem Mendogiem, Zakon dokonał w ciągu roku 1250 i 1251 podboju reszty Natangii oraz Barcji.
W państwie krzyżackim
W roku 1257 ustanowiono przejściowo komtura całej nowo podbitej Natangii, podobnie jak Barcji (1257) i Sambii (1254). Krótko potem, w 1260 roku, wybuchło II powstanie pruskie, a zbuntowanymi Natangami dowodził wódz Herkus Monte, który zginął w roku 1273. Po zakończeniu walk Natangię podzielono na dwie komturie – balgijską (Balga) i pokarmińską (Brandenburg), które były zaliczane do komturii dolnopruskich.