Na froncie wschodnim użyto wszystkich dostępnych wówczas egzemplarzy, 13 stycznia 1943 r. na lotnisku Pitomnik pod Stalingradem został zniszczony V13. V8 został utracony przez Luftwaffe w 1943 r. V11 (J4+JH) 22 lipca 1943 r. został uszkodzony przez załogę Martin B-26 Marauder i rozbił się podczas lądowania w Bastii. Trzy egzemplarze Ju 90 zostały wykorzystane w 1944 r. podczas akcji ewakuowania niemieckich żołnierzy z Krymu i Grecji. Ostatnie egzemplarze zostały utracone przez Luftwaffe pod koniec wojny. Ju 90 V4 i V9 zostały zdobyte przez wojska brytyjskie i trafiły do Wielkiej Brytanii.
Konstrukcja Był to czterosilnikowy samolot transportowy w układzie wolnonośnego dolnopłata o konstrukcji metalowej. thumb|left|Wnętrze kabiny pasażerskiej Kadłub o konstrukcji półskorupowej opartej na wręgach wzmocnionej licznymi podłużnicami. Przekrój prostokątny z zaokrąglonym grzbietem. Pokryty gładką blachą z duraluminium. W przedniej części znajdował się kokpit dla pilotów i radiooperatora, następnie znajdowała się kuchnia i przestrzeń dla 40 pasażerów, którą można było podzielić na pięć stref. Dwie pierwsze były przeznaczone dla pasażerów palących, trzy następne dla niepalących. W tylnej części kadłuba znajdowały się dwie toalety, szatnia oraz bagażnik. Okna prostokątne, jedynie w egzemplarzach V6, V7 i V8 w kształcie iluminatorów.