W V8 (rejestracja cywilna D-AQJA, wojskowa DJ+YE) testowano uzbrojenie obronne umieszczone w podkadłubowej gondoli, przodzie kadłuba, wieżyczce umieszczonej na grzbiecie kadłuba, stanowiskach strzeleckich po bokach kabiny oraz ogonowym stanowisku strzeleckim.
Rozwinięciem Ju 90 był wojskowy samolot transportowy Junkers Ju 290.
Użycie bojowe thumb|left|V11 ostrzeliwany przez B-26 Egzemplarze V8 (Werk.Nr 90 004, Hessen, BG+GZ), V10 (Werk.Nr 90 006, Mecklenburg, D-ASN), V11 (Werk.Nr 90 007, Oldenburg, D-AFHG), V12 (Werk.Nr 90 008, Hessen, D-ATDC), V13 (Werk.Nr 90 009, Thüringen, D-AJHB) oraz V14 (Werk.Nr 90 010, Brandenburg, D-AVMF) z Luft Hansa trafiły do Luftwaffe i zostały przydzielone do Viermotorigen Transportstaffel a następnie do Transportstaffel 5. Używane były do transportu zaopatrzenia, podczas operacji Weserübung latało sześć egzemplarzy Ju 90. V10 został zniszczony w katastrofie 12 kwietnia 1940 r. podczas startu z Hamburga. 8 listopada 1940 r. utracono egzemplarz V14, który rozbił się nad Austrią z powodu oblodzenia. W maju 1941 r. trzy egzemplarze skierowano na Bliski Wschód, gdzie m.in. holowały szybowce Messerschmitt Me 321 Gigant. Kilka egzemplarzy trafiło do Kampfgeschwader 200. Brały również udział w lotach z zaopatrzeniem do Afryki, dostarczały wyposażenie dla Afrika Korps.