Po urazie głowy przez trzy tygodnie leżał nieprzytomny w szpitalu, lecz i z tych „ciężkich terminów” wydobył się we właściwym dla siebie stylu.
Powrót do formy W kwietniu 2001 roku ex-kolarze Mapei już pod nowym szyldem Domo ponownie zdominowali „Piekło Północy” (czyli Paryż-Roubaix) i w końcówce wyścigu w 7-osobowej czołówce było ich aż czterech. Zmęczyli swych jedynych rywali (Belga Ludo Dierckxsensa, Amerykanina George’a Hincapie i Niemca Steffena Wesemanna) ciągłymi „skokami”, lecz po zwycięstwo sięgnął ostatecznie Holender Servais Knaven, zaś Museeuw najsilniejszy na trasie musiał zadowolić się „tylko” drugim miejscem. W sezonie 2002, który rozpoczął od swego drugiego zwycięstwa w Omloop Het Volk podjął ostatnią, poważną próbę wygrania całego Pucharu Świata. Najpierw w kwietniu wygrał po kolejnym długim rajdzie setną edycję Paryż-Roubaix, zaś w sierpniu najszybciej finiszował z 9-osobowej czołówki na mecie niemieckiego HEW Cyclassics w Hamburgu. Pomimo tego w ostatecznym rozrachunku minimalnie (o skromne 9 punktów) uległ swemu przyszłemu koledze z zespołu Quick Step Włochowi Paolowi Bettiniemu.