Już w 1993 roku Museeuw zdołał wygrać Ronde van Vlaanderen i Paryż-Tours, lecz w klasyfikacji łącznej PŚ uległ Włochowi Mauriziowi Fondriestowi. Dzięki wygranej wraz z kolegami jeździe drużynowej na czas oraz udziale w udanej ucieczce na etapie siódmym do Chalons-sur-Marne został dwudniowym liderem TdF, a chwilowe prowadzenie stracił na rzecz Baska Miguela Induráina po czasówce wokół Lac de Madine. Natomiast w klasyfikacji sprinterskiej „Wielkiej Pętli” raz jeszcze zajął drugą pozycję, a tym razem pokonał go Uzbek Dżamolidin Abdużaparow. W deszczowym wyścigu o Mistrzostwo Świata w Oslo był bliski medalu. Wszystkim uciekł niespełna 22-letni Amerykanin Lance Armstrong, zaś finisz po srebro wygrał Induráin, przed Ludwigiem i Museeuwem. Podczas sezonu 1994 znów był liderem TdF (tym razem trzydniowym również do czasu pierwszej długiej czasówki wygranej przez Induráina). Puchar Świata znów skończył na drugim miejscu, bo choć po drodze był najlepszy w Amstel Gold Race oraz drugi we Flandrii (RvV – gdzie o milimetry uległ Włochowi Gianniemu Bugno) i w Zurychu (MvZ) to ogólnie lepszy okazał się od niego Włoch Gianluca Bortolami.