W klasztorze stacjonowało wojsko niemieckie oraz mieszkali partyzanci Armii Krajowej.Utrzymane zostały: Cech Rzemieślniczy, Spółdzielnia Stolarz, Spółkę Rolną oraz Bank Spółdzielczy w Kalwarii, delegowani do ich zarządów byli Niemcy, którzy mieli decydujący głos w podejmowaniu uchwał i zarządzeń. Zebrania władz odbywały raz w roku i ograniczone były do przyjęcia sprawozdań i ustanowienia prac na następny rok, które musiały być zgłaszane do Starosty Powiatowego w Krakowie, który miał prawo je uchylić. 4 września 1939 r. – zajęcie Kalwarii Zebrzydowskiej przez wojska niemieckie – burmistrzem został mianowany aptekarz mgr Józef Kunze. 26 października – ustanowienie granicy Generalnego Gubernatorstwa wzdłuż rzeki Skawy, Kalwaria Zebrzydowska i Lanckorona znalazły się w Generalnym Gubernatorstwie. 15 listopada – na stanowisko burmistrza powołano Tadeusz Lorenca. 1 stycznia 1940 – reorganizacja administracji, powołanie wójtów w Lanckoronie i Przytkowicach. 1 lutego 1940 – powołano na burmistrza Kalwarii Zebrzydowskiej Jana Madonia. 22 lutego 1943 – grupa wypadowa Gwardii Ludowej pod dowództwem Józefa Goduli i Franciszka Raczyńskiego opanowała stację kolejową i wspólnie z miejscową ludnością zniszczono kilka niemieckich wagonów towarowych oraz wagon z amunicją (amunicja została zatopiona)Józef Bolesław Garas „Oddziały Gwardii