Podczas potyczek Szwedów plądrujących klasztor z przybyłymi na pomoc chłopami zginęło wielu zakonników, a klasztor został ograbiony z kosztowności. Okupacja szwedzka 1655–1660 zahamowała rozwój miasta. 9 kwietnia 1667 – umarł Michał Zebrzydowski – jego dobra przeszły w ręce rodziny Czartoryskich wskutek poślubienia przez Annę Zebrzydowską Jana Karola Czartoryskiego. 1715 – rok po wielkim pożarze, Józef Czartoryski nadał nową lokację miastu – powstała nowa zabudowa miasta. 1729–1731 – budowa pałacu Czartoryskich (teren obecnego Wyższego Seminarium Duchownego). 1772 – I rozbiór Polski – miasto znalazło się w zaborze austriackim oraz otrzymało nową nazwę Kalwaria. Funkcjonowała stacja solna oraz komora celna dla soliny z Bochni, skąd była transportowana do Austrii, a do miasta przybyli rzemieślnicy. 1786–1790 – budowa traktu środkowogalicyjskiego, prowadzącego ze Lwowa do Białej (dzisiejsze Bielsko-Biała) – głównego traktu komunikacyjnego Galicji. 1835 – wygasł ród Czartoryskich. thumb|Kalwaria na starym obrazie z 1843 r. thumb|Budynek synagogi 1848 – w wyniku Wiosny Ludów została zniesiona pańszczyzna. Zezwolono Żydom na osiedlanie się w Kalwarii. 1884 – powstała linia kolejowa łącząca Kraków z Suchą Beskidzką i Zakopanem. 1887 – koronacja obrazu Matki Boskiej Kalwaryjskiej.