Dobrze grał w kwalifikacjach do Mistrzostw Świata w Niemczech. Zagrał też w obu barażowych meczach z reprezentacją Urugwaju i pomógł reprezentacji Australii w drugim historii awansie na Mistrzostwa Świata po dramatycznym konkursie rzutów karnych, kiedy to obronił dwa z nich i stał się jednym z bohaterów w ojczyźnie. Został powołany przez Guusa Hiddinka do 23-osobowej kadry na same finały MŚ jako pierwszy bramkarz. Tam zagrał w pierwszych 2 meczach grupowych swojej drużyny. W trzecim z nich z Chorwacją (2:2) Hiddink postawił na Zeljko Kalaca. Jednak Kalac wypadł słabo i w następnym meczu 1/8 finału z reprezentacją Włoch bronił już Schwarzer. Jednak nie zdołał obronić kontrowersyjnego karnego w 95. minucie meczu wykonywanego przez Francesco Tottiego i reprezentacja Australii pożegnała się z mistrzostwami.
6 listopada 2013 roku Schwarzer zdecydował się zakończyć karierę reprezentacyjną.