W języku potocznym słowo „kodowanie” określa wszelkie metody szyfrowania lub ukrywania znaczenia. W kryptografii jednak określenie to ma nieco inne znaczenie. Podstawowa różnica polega na zastosowaniu odmiennych narzędzi podczas zamiany tekstu otwartego na utajniony przy pomocy obu tych sposobów działania; o ile w procesie szyfrowania istotnym jego elementem jest klucz, to kodowanie obywa się bez tego składnika systemu – odbywa się ono przy pomocy książki kodowej – rodzaju słownika wiążącego słowa i wyrażenia języka tekstu jawnego z odpowiadającymi im „słowami” kodu. Następuje zamiana jednostek tekstu jawnego (tzn. znaczących słów lub zdań) na słowa kodowe (np. Atak o świcie zostaje zastąpiony słowem Szarlotka).
Z kodów tego typu w obecnej kryptografii się nie korzysta, z wyjątkiem ich zastosowania jako kryptonimów operacji wojskowych (np. Operacja Overlord czy Akcja „Burza”), ze względu na fakt, że dobrze dobrany szyfr jest zarówno praktyczniejszy, jak i bardziej bezpieczny niż jakikolwiek kod. Ponadto szyfry są lepiej dopasowane do wykorzystania za pomocą sprzętu komputerowego.